军队的管理，朱由检不想让内阁插手进来。所以，对建立自己的军事辅助机构，朱由检从未征询过内阁几位总理的意见。
但是，朱由检决定要成立一个自己直辖的军事辅助机构后，还是要找人商量的。而在南京朝廷，朱由检最信任的人，是王承恩和史可法。
王承恩自不必说，崇祯皇帝的死忠，可以跟崇祯一起上吊的那种死士。而史可法则是历史证明的忠于大明朝的大忠臣，现在又得到朱由检赏赐，有了一块丹书铁券，自然更加忠于朱由检了。
根据脑海里ie浏览器上查到的资料，朱由检对这个军事机构的组成模式已经有了一些眉目。
国家领袖的军事辅助机构，明朝有五军都督府、清朝有军机处、中国有军委、美国有参谋长联席会议、日本有枢密院。朱由检从这些机构中汲取了适合自己使用的组织架构，准备用于组建自己的军事辅助机构。
只是，他还需要有人将他的决策与明朝的实际情况结合一下。所以，这事必须要找一个军方重臣商量，让他给自己参谋一下。
王承恩虽然兼职了锦衣卫指挥使的职位，品级很高，但毕竟锦衣卫人数规模太小，加上王承恩的过往经历，导致他军事水平不够。而史可法，一直在军方任职，对明朝的军事情况显然比王承恩和朱由检都要了解得多。因此，对这个事，朱由检主要是征询史可法的意见。
当史可法正在兵部为四个新建兵工厂忙碌的时候，一名宦官带来了皇上的旨意，召史可法进皇宫商讨军情。
在皇上将军权全部收回后，南京五军都督府名存实亡，已经变成了一个联络机构，只是负责上传下达皇上和兵部的命令而已。而兵部，也变成了军方的后勤部门，对各大军区再也没有以前的约束力了。
如果不是他一向忠君爱国，那作为原南京兵部尚书兼五军都督府总督的史可法早就对崇祯帝不满了。不过，史可法的性格，让他不会对皇上收回军权的行为有什么抵触。他只是默默的配合，更加忠心的为皇上办事，管理好全国军队的后勤事务罢了。
在接到宦官传旨，让他进宫与皇上商议军情的时候，史可法根本不知道皇上要商议的是什么军情。他以为，皇上找他商量的，又是军方后勤或兵工厂的事情。
但是，当来到乾清宫，见完礼，皇上说要建立自己的军事辅助机构时，史可法愣了好一会儿。
“如果皇上感到分身乏术，不能很好的指挥管理全国军队的话，可以将兵部和五军都督府从内阁单独提出来，归皇上亲自指挥就行了。为何还要再成立一个新的辅助机构？”史可法发出疑问道。
朱由检摇头道：“因为以后的军队，将更加职业化、正规化，对军队作战功能的分类将更加的多。兵部和五军都督府都不能很好的达到协助朕指挥管理军队的功能，因此，必须重新成立一个机构，来协助朕指挥管理全国军队。”
史可法点了点头，问道：“那皇上心中有什么计划没？”
于是，朱由检将自己心中已有的架构告诉了史可法，史可法表示赞同。然后，他再根据自己的经验，对其中一些不符合明朝实际的名称、架构进行了修正。
最后，两人商议了几天，再找王承恩、徐孚远进行参谋，拿出了最后的方案。