方臣祐的到来证实了蒙元大汗铁穆耳已经潜逃出宫，众人皆是大惊，唯有皇帝似松了口气，但其也只是淡淡言道‘知晓了’。然后好言安抚了一番方臣祐，让人带其洗漱休息，好生照顾不准有丝毫怠慢。
众臣此时也才知陛下对蒙元朝廷渗透之深，经营之久，连内廷总管都为其收服，为己所用，如此蒙元大汗的一举一动都在其的掌握之中，有这等助力岂能不胜。大家再看向皇帝的目光除了佩服，也多了敬畏。
虽然暂时跑了铁穆耳，但城中的清剿战斗依旧有条不紊的展开，至傍晚大的战斗已经结束，各处火情被扑灭，城中只有零星的枪声响起，除了巡城的军卒脚步声，野狗的偶尔吠叫声，昔日繁华的都市陷入了沉寂，仿佛一座死城一般。
漫长的一夜后，凌晨十分有快马驰入行营，信使直奔大殿禀告：昨夜近卫军会同御前护军骑兵旅将潜逃出宫的铁穆耳一行人围住，经一夜激战尽歼其部。蒙元伪汗铁穆耳在突围途中被乱枪打死，随扈的枢密使阔里吉思断后被射杀，中书省左丞不忽木暗夜中坠马，被马蹄践踏而死。
随行的蒙元伪汗太后以下妃嫔二十余人被俘获，随护的都威卫万户察罕以下及怯薛军三千余人尽数被歼。缴获伪元印玺多枚，战马千匹，珠宝百余驮，一应宫禁之物无数，战场仍在清理之中。
赵昺又问及详情，信使禀告道：在战前事务局探子暗中对大都城周边三十里的村镇进行了详细调查，共筛选出有疑点的村落十余处。这些村镇皆有一个共同点，皆是在大都城建成后由它处迁徙而来，又以蒙古人为主，占地广阔，除了耕种的土地外，尚有牧场，饲养大量马匹。且所处之地较为偏僻和封闭，与周边少有往来，甚至几十年来婚嫁皆不出村。
更令人费解的是在围城之前，蒙元朝廷为了充实力量将周边村镇迁民入城，可这些村镇并未受此影响。在宋军到来后，他们主动捐纳钱粮表示臣服，富户献出土地分与村民，简直就是‘模范村’。但也正是这些反常行为成了事务局的怀疑对象，对他们加以监控。
事实上这些村镇都是反骨仔，当铁穆耳密谋潜逃之时，遣人暗中联络他们，从其处调集人手和战马，准备粮草，做好接应的准备。事务局也从蛛丝马迹中判断出大致范围，却不能断定具体的地点，只能在周边撒大网。
昨夜，铁穆耳一行人在底下向东北方向潜行了近三十里，在一处村庄内中出现。为了不打草惊蛇，将他们一网大尽，事务局所属武力并没有急于动手。直到他们夜渡榆河，准备再过潮白河进山之时才骤然杀出，将他们困在两条河间，歼灭于河滩之上。
敌酋授首，标志着一个国家的灭亡，众人兴奋不已。赵昺下旨命江璆率臣属首先入城处理善后和接收事宜，又命邓光荐与脱欢、方臣祐随后入城再次甄别铁穆耳的尸身，以防其诈死逃脱。同时命陆秀夫起草诏书向临安告捷——大都城破，蒙元灭国！
次日，邓光荐呈报，经脱欢和方臣祐仔细甄别确是铁穆耳无疑。赵昺下旨命将铁穆耳及殒命的后妃尸体成殓，置于东华门外的伪枢密院大堂，供蒙元旧臣遗民凭吊，着脱欢在城外择地建陵妥善安葬。阔里吉思和不忽木的遗体让家属领回，自行祭奠和安葬。
赵昺此举似是施恩让遗民祭奠，可在他人眼中确与曝尸无异，只是为了报复蒙元灭国之恨。实际上他的思想没有那么龌龊，而是另有深意，只是想让蒙元遗民亲眼看到铁穆耳的尸体，消除其已在破城前潜逃的流言，免得再有蒙古人利用其借尸还魂。
铁穆耳灵枢运抵当日，晴朗的天空突然阴云密布，一场暴雨骤然来临，倾盆大雨下了整整一天一夜，将护城河水都染成了触目惊心的黑红色，流出二十里外颜色才渐渐淡去。也不知是老天在为一个王朝的覆灭哀鸣，还是在迎接一个新朝的复兴。
五日后，脱欢奏报陵墓已经建成，请旨移灵。其陵选在城外一处皇苑，仿汉人陵墓修建，但仓促间建成十分简陋，规模甚小，占地不过五亩，封土只有两丈高，因为南朝没有赐下庙号和谥号，陵前墓碑上只能以汉蒙文题写‘元末帝之陵’。赵昺开恩，允其在陵区建寺供奉祭祀，为其守陵。
十日后，江璆奏报，城中基本清理完毕，此战城中军民伤亡甚重，搬运出城尸体达三十万具。北城战斗最为激烈，毁损房屋上万间，道路、商铺几乎无一得存。皇城经历阿难答的荼毒和战火波及，房屋被毁上千间，但商业区大体得以留存。宫城中由于没有爆发激烈战斗，除皇后翰儿朵皆被烧毁，周边的殿舍受到波及外，大部分殿宇得以完整保全。
赵昺下旨先将损毁的城垣和城门修复，疏通城中的道路，允许逃出城的百姓回城重新择地安居。被俘的蒙元官吏经筛查后可以留用，以便弥补官员短缺的情况；蒙古人除商人和工匠外禁止回城，民迁往山东和两淮地区分散安置，被俘兵将和官员暂编为伍充作役军，后续再做安置。
此战后，城中的蒙古人和色目人锐减，由八十余万人到不足三万，而大都城也由百万人口减少至不足十五万。这样做虽然残酷，但是也是为了日后的需要，要将不稳定因素消除。
不过破城后所获亦是甚丰，仅粮食就得到百万石之多，从旧朝勋贵手中收缴金达三十万两之巨，银两千余万两，珠宝器皿无算，可见蒙元官员贪腐之盛。而宫中也尚存有大量宝物，其中不乏女真当年掠夺汴京皇宫，蒙元强抢临安皇宫中的旧物，这让赵昺不由感叹世事弄人啊！
九月初一，行营迁入大都城，赵昺在大明宫举行大朝会，召见文武众臣，同时下旨嘉奖有功，犒赏三军，大宴三天。但他并没有久留大都，半月后任命江璆为河北、河南和山东制置使，兼领燕京府事。
与此同时，开始布置撤军，第一军和炮一师驻留大都，戍守山南、山北诸州；第二军开赴真定镇守；第三军开赴长安镇守；第四军前往山东；第五军前往山西；第八军仍回襄樊；第十二军和十三军搭乘海船返回驻地。
将开战后编成的十数个保安旅改编为边防军分赴宣德、开平、宁德等沿边重镇戍守。第一水军留驻直沽，保卫海防和海运通路。陆战队各自规建，工程师则负责在沿边修建戍堡，利用枯水季修通大运河至大都城内的运河。布置完毕，行驾乘舟沿运河南下还都，至此第二次北伐胜利结束……
祥兴十九年，在赵昺主持下进行行政区域改革，大宋全境共重新规划为二十个省，一百余府、千余州（县），形成中央、省、府、州（县）四级行政管理机构。
同年，赵昺下诏加强海贸，巩固旧有西洋航线外，利用新开辟环球航线，打入北美、北美市场。同时在南北皇田试种引进的玉米、花生、番薯等新品种。
祥兴二十年，赵昺着令兵部制定军事要地图谱，对禁军和州军进行整编，扩充骑军，加强边防军力。经多番研讨后，保留八个军的禁军，炮军扩编为五个师，骑军十个师，水军保留大小舰船千艘，远征军得以继续保留作为战略支援军。内地州军缩编为旅，编余兵力加强到边防军。