明朝毕竟改土归流的地区有限。所以绝大多数地方仍然还是实行土司制度。到了清朝三藩之乱，康熙皇帝平息叛乱，为大规模的改土归流就创造了条件。这个三藩之乱怎么回事，大家可能清楚。当年太祖皇帝崛起关外，跟明朝打仗。以七大恨，誓师伐明，出兵两万，连下辽东70余城。关外土地几乎全都被占领了，结果就是一个小小的宁远城，挡住了八旗军前进的脚步，因为袁崇焕用红农大炮，炮伤清太祖，所以造成太祖皇帝含恨而终。太宗皇帝继位之后，就认识到了火炮的厉害。因为明朝打仗，不跟清朝打野战，只要一打野战，肯定全军覆没，八旗劲旅马上功夫是没得说的。明朝就凭城用炮，我据城不出，你进攻我就开炮。
清朝几次打北京也打不下来，宁远都打不下来，更别说北京了，就想学这个火炮怎么做。这个时候几个明朝的降将，耿仲明、尚可喜和孔有德归顺清朝，教会了清朝人使用火炮。这样一来的话，等于清军大军入关，这三个人的功劳是非常大的，所以这三个人都被加封王爵。在中国古代兄弟叔伯子侄可以封王，皇帝的兄弟叔伯子侄，他小舅子不行，他外甥也不行，必须得是与天子同姓。那这几位，甭说不是跟天子同姓，都不同族。所以这三个人被封王，平南王、定南王、靖南王，封了这三个王，很特殊。
后来吴三桂归降，吴三桂的功劳就更大了，如果没有吴三桂开城纳款的话，就没有大清入主中原，所以他被封为平西王。后来定南王孔有德在跟张献忠余部作战的时候殉国，四个汉人的王爷就变成了三个。孔有德的女儿孔四贞孤苦伶何，被孝庄文皇后收养，封为和硕公主。这是清朝唯一的汉族公主。大清入关之后，因为八旗兵力毕竟有限，江南潮湿水热，八旗兵也不适应，于是就让三个汉族降将，镇守边陲。耿氏守福建，尚氏守广东，吴三桂镇守云南。结果他们势力太大，对中央集权构成威胁。天下财富半入三藩，一年三藩要花一千万两银子。朝廷才两千万，它花一千万，自己委任官吏，自己招募军队，这不就是一个独立王国嘛。
圣祖爷继位之后，他在柱子上写了三件事儿，他念念不忘的三件事儿，三藩、台湾、河工，一个是平三藩，一个是收台湾，再有一个就是修黄河，写了这三件事儿。圣祖爷冲龄践祚，8岁承继大统，天纵圣明，16岁擒鳌拜亲政。20岁的时候削藩，这三藩就反了。当时耿氏已经是传到儿子辈了，尚氏已经传到孙子辈了，只有吴三桂还是他本人，老家伙比较能活。叛乱之后一开始说反清复明，他这个反清复明明显是扯。南明最后一个皇帝永历帝，桂王朱由榔，就是被他从缅甸逮回来，然后在昆明十字坡用弓弦勒死的，等于末代皇帝是你勒死的，你还反清复明，所以他这个反清复明没什么人相信。
只有台湾那个郑成功的儿子，郑经派了点儿兵，骚扰一下福建，让大清给打回去了，也就不了了之。朝鲜想起兵响应吴三桂反清复明，但是兵还没等练出来呢，吴三桂就失败了。这样一来，圣祖爷平定三藩历时八年。三藩一平定，就为大规模地改土归流创造了条件。在后来世宗雍正皇帝在位的时候，雍正皇帝就是大量委派流官，代替了土司，等于雍正皇帝时候的改土归流基本上完成。到了清乾隆年间，四川的大小金川彝族叛乱，乾隆爷又调兵平定叛乱。你们今天如果去香山植物园看到里面有很多碉楼，就跟汶川地震震塌的碉楼相似，那里有那么多碉楼就是当年为了平定大小金川。因为大小金川主要是羌族、彝族，他们这帮人住碉楼，清军将士不会打，所以在那一比一的比例，建了碉楼，然后搞军事演习用。检阅西山健锐营靠军事演习，包括团城演武厅，都是当年为了练兵。好几个旗都在那。八旗在那边驻防。
改土归流，加强了清朝中央政府对西南少数民族地区的统治，改变了当地落后闭塞割据纷争的状态，促进民族间经济文化交流，有利于统一多民族国家的巩固和发展。