党派门户之争，乃明末政治显著特色。明之亡，有诸多不可避免的必然，而党争所起作用，为其荦荦大者。孟森先生说：“建州坐大，清太祖遂成王业，其乘机于明廷门户之争者固不小也。”隐然有“明非亡于强敌，而亡于党争”之意。而当时之人，则依自己的体会评论道：“尝观国家之败亡，未有不起于小人之倾君子一事；而小人之倾君子一事，未有不托于朋党之一言。”也认为明朝亡乎此，但偏重于从正人遭摈斥也即内祸的角度来看。应该说，以上两个层面合起来讲，才是对明末党争危害的较为全面的认识。
党争发展成党祸，是天启朝的事情，而其起源则远在五六十年前，过程又极为复杂，足够专门写一本大部头的史著。刘承干说：“溯明季门户之争，始于神宗之倦勤，清流之祸，极（与“亟”通假）于熹宗之庸闇。”吴应箕则认为更早：“极于万历丁巳，而嘉靖诸政府已开其渐。”这是说，嘉靖年间，当夏言、严嵩、徐阶各自专权，而党同伐异之时，党争已经形成。这情形，我在叙述嘉靖故事的时候，曾细表过；我并且强调，那种争斗并非偶然，根本上亦非夏、严、徐等人主观有此强烈意愿，而尽出于嘉靖皇帝的驭人之术，是他一手挑拨和掌控的结果。嘉靖时代在明朝历史上的转折意味，于兹再次可见一斑。
门户意识既开，遂演变成为一种政治模式，以及官场套路，后面的人，很容易就走到这种思路里头，既是政治经营的策略，亦是做大官的要诀。张居正作为徐阶的传人，顺理成章继承这笔政治遗产，当政期间，在与高拱等人的较量中，加以新的演绎。到万历中期以后，伴随若干重大问题的争论——从“国本”之议、矿税之争，到“忧危竑议”、“续忧危竑议”、“福王之国”、“梃击案”——朝臣之间，派系林立，咸以彼此攻讦为能事；而政见分歧之外，一些人情世故也渐渐羼入其中，师门、宗姓、乡党……终于形成了齐党、楚党、浙党、东林党这四大政治势力。然彼时之所谓“党”，既无组织，亦无章程、纲领，他们自己内部未见得有“结为同志”的意识，而是自外人、尤其相敌对的政治势力眼中，这些人沆瀣一气，勾结在一起，于是拿“党”这样一个明显带有丑化意味的词相赠。
及魏忠贤崛起，各色党人都聚集到他的麾下，来打击东林党。这时，混战的局面开始简化，变成阉党与东林党之间的单一对抗；基于门户之见的“党争”，也开始走向所谓“小人之倾君子”的“党祸”。
强调一下，对“小人之倾君子”，只能从整体上作此理解，并非只要反对过东林党，便都归于“小人”类。熊廷弼就是突出的例子。他在当御史时，专跟东林党人捣蛋。他在同事中有两个好友，一个叫姚宗文，一个叫刘国缙。三个人都不喜欢东林党，经常联手攻击。熊廷弼这种行为，缘于性格，“性刚负气，好谩骂，不为人下，物情以故不甚附”，用今天话来讲，属于比较“各色”的人——谁都别惹我，惹我我就骂；只要不高兴，逮谁骂谁。很情绪化，有点狂狷的味道，但并不包藏祸心和不可告人之目的。姚、刘这两位，却不同了。他们拼命向东林党开火，意在谋取进身之阶。后来熊廷弼被委重任，经略辽东，姚、刘本着同一战壕之战友“苟富贵，毋相忘”的心理，指望熊廷弼拉一把，熊却不屑搞这一套。于是这两人掉转枪口，倾力诬陷熊廷弼。不单自己干，还鼓动同类群起而攻之，指责熊廷弼欺君、专断、丧师辱国。熊廷弼果然被拉下马。具有讽刺意味的是，替熊廷弼说话、实事求是肯定其功绩和才干的，倒是东林党人。熊罢官后，不服气，要求朝廷派人前往辽东核实情况。原本打算派那些攻击熊廷弼的人担当此任，是杨涟上疏阻止，改派中立的兵科给事中朱童蒙前往；朱返回后递交报告称：“臣入辽时，士民垂泣而道，谓数十万生灵皆廷弼一人所留。”沈阳被破之后，首辅刘一燝（在崔呈秀编织的《天鉴录》中，他排在东林党第四位）出来说公道话：“使廷弼在辽，当不至此。”后来也是因为东林党人支持熊廷弼复出的缘故，魏忠贤一伙把天启二年关外失守的账，记在东林党名下；曾经力攻东林党的熊廷弼，也被他们视为东林党的同路人。
这个故事，说明三点：第一，攻击东林党，未必是小人；第二，小人和君子之间，最终一定不能相容；第三，正人之间，纵然不和，也不失对事实的尊重。
以上，将明末党争来龙去脉略作交代。然后专门说一说东林党。
东林，书院名，在无锡，始建于宋代。当地有个大学者，名叫顾宪成，流传甚广的楹联“风声、雨声、读书声，声声入耳；家事、国事、天下事，事事关心”即为他的手笔，颇透露了他的品性。万历二十二年（1594）因事忤旨，革职，还归故里。从此致力讲学，实现以教育和学术兼济天下的抱负。先是在家中辟“同人堂”，教习士子，同时也常约请常熟、苏州、松江、宜兴等处贤达来无锡讲学。那时，长三角地带已为全国文化和学术最发达的所在，凭此依托，顾宪成迅速聚拢起浓厚的思想氛围，一个学派呼之欲出。不久，倡议重修东林书院，获士绅响应，地方官也乐助其事。万历三十二年修竣，顾宪成任主持，直至八年后（1612）去世。书院既立，又有顾氏这样的名儒主持，各方学者纷至沓来，朝中一些声望素著的官员如赵南星、邹元标、孙慎行等，或遥为呼应，或亲临授学，东林书院一时俨然士之渊薮。
与齐党、楚党、浙党（更不必说后来的阉党）不同，东林党确实有了一点近代政党的影子。它是一个精英群体，有思想、意识形态上的认同，有基本的伦理和治国理念，而非纯粹出于各种功利目的达成的妥协或建立的同盟；同时，更重要的，它不仅仅是一个思想运动，一种空头学术，而明显存在用理论改造现实的强烈意愿，试图去代表和表达比较广泛的民众诉求（这是它在遭受魏忠贤迫害时能够被民众所拥护的原因）。
人们因为思想立场，汇集起来；然后又带着这立场，返于政治实践。万历晚期，东林党人的政治影响力开始显现。他们在诸多重大朝政问题上，发出自己的声音。由于当时政坛，只有东林党人形成自己的基本政治理念，别的派别都是在攘权夺势动机支配下，搞实用主义权术、机会主义政治，相形之下，东林党人看起来似乎就很原则、很执著、很不顺从、很理想主义，总扮演现实的批评者和反对派。这让万历皇帝备感恼火，严厉加以打压；反过来，东林党人在一般读书人和民众中间，却取得良好声誉，被目为“正人”。
这声誉，乃是雄厚的政治资本，藉乎此，随着神宗死去和光宗即位，东林党人遂得成为主流派。一朝天子一朝臣，当初东林党人从维护“国本”的立场出发，坚定支持太子朱常洛，阻挠朱翊钧偏私郑贵妃及福王，现在朱常洛熬出头，当然要对东林党人表示信赖。他开始重用东林党人，虽然在位仅一月便遽尔病殒，但指定的顾命大臣中，东林党人占有相当的比例。“移宫案”中，也正是有赖这些人，朱由校才脱离李选侍控制，实现权力平稳过渡。出于这种关系，刚刚做皇帝的朱由校，与东林党人之间，不但没有龃龉，反而深为倚重，刘一燝、叶向高、邹元标、赵南星、左光斗、孙慎行、杨涟、高攀龙、王之宷、袁化中、顾大章、周起元、魏大中、周朝瑞……这些东林骨干以及同路人，或居高位，或被重新起用，从而出现了所谓“众正盈朝”的局面。
“蜜月”是短暂的，朱由校迟早要跟东林党人翻脸。非因别故，就是因为东林党人以“正人”自居，试图在政治实践中坚持他们从思想理论上认明了的一些理念；反观朱由校，作为皇帝，用“私”字当头去理解、运用和支配权力，同样必然。此二者之间，一定会有抵触，一定将爆发矛盾。
“私”字发挥作用之际，朱由校自然而然与客、魏之流穿上一条裤子，而与扶其坐上龙床的东林党人愈行愈远，直至视之为仇雠。
东林党人，也因为以“正人”自居，不肯妥协，同样陷入一种历史宿命。这宿命，直接地讲，就是“梃击”、“红丸”、“移宫”这明末三大案所形成的历史积怨；欲明天启党祸的由来，三大案实为一个关键。
万历以来，东林党人不弃原则，一直与众宵小为敌，结下很多“梁子”。三大案中，他们得罪了一大批人：太监、宠妃、朝臣中的投机分子等等。这些人个个怀恨在心，但有机会，即思报复。魏忠贤本人“移宫”之际押宝李选侍，又力主将朱由校扣为“人质”。东林党人成功解救朱由校后，杨涟即曾疏劾魏忠贤，欲绳之以法。虽然在王安保护之下，使用调包之计，混淆视听，将李选侍身边另一个名叫李进忠、也犯有过错的太监（前面说过，当时魏忠贤还未改名，也叫“李进忠”）推出抵罪，但这始终是魏忠贤一大心病。后来对杨涟、左光斗等出重拳、下毒手，实在也是被这恐惧所激发——从清洗东林党后推出《三朝要典》来看，魏忠贤的目的就是要翻案，否定东林党人作为这段历史的“正确路线代表”。既然老大一马当先，带头迫害东林党，三案以来与东林党人有各种“不解之怨”的众宵小，能不欢欣踊跃、奋勇向前？
此为党祸发作之前的一些背景。然而，大狱兴起，第一位受害人却并非东林党，而是一个不相干的人。
话说天启四年，魏忠贤权力已达极盛期，阉党亦成气候，“正人”与“小人”之间，已到决战时刻。四月二十一日，有人突然上了一道折子，指控内阁中书舍人汪文言招权纳贿，而其后台正是左佥都御史左光斗和吏科都给事中魏大中。奏折递上的第二天（乙巳日），就有“圣旨”：“下文言镇抚司”，反应出奇地快，恐怕是预谋安排好的。
这个姓汪的，算是当时北京政坛和社交界的一位奇人。歙县人，并非正途出身，过去在县里当一员小吏。有苏秦、张仪之才，聪明之至，脑子好使得不得了，做人也是八面玲珑、滴水不漏，而且颇具侠任之风。因为这些禀赋，万历年间，他被当地一位地方官看中，为他捐了监生的名分，派到北京“卧底”——在官场中“刺事”。由此，汪得以结交京城上层社会，所到之处，为人和才干都教人刮目。靠某种机缘，与当时的东宫伴读王安相识。据说，他经过观察，发现王安“贤而知书”，于是“倾心结纳，与谈当世流品”，风雅之间，彼此相得。后又与东林党人过从甚密，很快成为北京政界要人跟前的红人，或者说，中国明代的“院外活动家”。他以这样的身份，发挥重要作用；《明史》记有两条：一是“用计破齐、楚、浙三党”，详情不明，倘真有此事，此人巧智恍若孔明再世；一是光、熹之际，也就是“移宫案”过程中间，“外廷倚刘一燝，而安居中以次行诸善政，文言交关力为多”——朝廷事靠刘一燝，宫廷里面靠王安，而刘、王之间的沟通，则靠汪文言，最后成功粉碎李选侍的听政企图。这第二件大功，非同小可，汪文言以一民间政治家，在重大历史关头发挥这种作用，也真称得上古今一人。东林党人一直很器重他，叶向高任首辅后，破格简任他为内阁中书舍人。官职虽然顶小，但对一个没有“文凭”“学位”亦即本无资格做官的人来说，却毕竟是把脚踏入了官场。
正为此，尤其汪氏在“移宫案”中扮演了那样的角色，他早已是魏忠贤眼中钉、肉中刺。
但魏忠贤绝不以整汪文言为满足，汪下狱，只是由头，以便挖出“后台老板”，揪出更大的牛鬼蛇神。东林党人意识到了这一点。当时，负责办这案子的镇抚司首脑刘侨，并非阉党。东林党人、御史黄遵素去见他，说：“文言无足惜，不可使缙绅祸由此起。”以避嫌的语气，婉转指出有人想借汪文言案生事，把国家搞乱。刘侨果然秉公办案，不搞逼供信，“狱辞无所连”，对汪文言只做出褫职加打板子的处理。然而，数月后此案复发并在整个党祸中居极重要的位置——此乃后话，先按下不表。
汪案暂告段落，但所有人，东林党也罢，魏忠贤也罢，都晓得事情绝不至此为止。发难汪文言，只是“冷空气前锋”带来的乌云，急风骤雨还在后头，大清洗已不可避免。
面此情势，东林党几个核心人物展开激烈争论：到底要不要跟魏忠贤及其阉党摊牌？杨涟认为退无可退，坚决主张反击。左光斗、魏大中均抱同感，黄遵素、缪昌期则担心“击而不中”，局面不可收拾。
其实，黄、缪的担心极有道理，只是杨涟所见更为透彻。当时形势，无论东林党人反击与否，魏忠贤决心已定，必然下手。不管东林党有无把握，他们都已没了退路。
虽然意见并不统一，杨涟仍于六月初一，单独上疏，矛头径指魏忠贤。列其二十四项大罪，有些是拿来充数的，但大多数是事实，罪名相当严重：擅权乱政，口衔天宪，培植亲信，虐害妃嫔，堕杀皇子，倾陷大臣……
如果朱由校亲自阅读这份奏疏，不知道结果会如何。实际的情形是，奏疏首先落在魏忠贤手里，他倒不敢不呈于朱由校，但据刘若愚说，魏忠贤安排王体乾念给朱由校听，后者“心感客氏培植掌印，遂将如许参本不肯字字念全，而多方曲庇之”。有称，朱由校所以不亲自读本章，系因几乎不识字。这说法很可以让人快意一笑，不过料非事实——朱由校做皇帝以后，已经请了教师的，就算不刻苦，文盲的帽子应该已经摘掉。
王体乾掐头去尾朗读的效果相当理想，而且一旁还有客氏巧舌如簧，“弥缝其罪戾，而遮饰其回邪”。故而朱由校听罢，感觉没什么大不了的，轻描淡写地对魏忠贤说了如下几个字：“尔闻言增惕，不置一辨，更见小心。”听上去倒像表扬。又正式传布一道上谕（出自阉党魏广微之手），着重否认杨疏所提出的“毒害中宫，忌贵妃皇子”这项最严厉的指控，斥责杨涟“凭臆结祸，是欲屏逐左右，使朕孤立于上”。然后故作宽宏大量，表示“姑置不问”；末了，未忘记警告群臣：“不得随声附和，有不遵的，国法具（俱）在，决不姑息。”
随着上谕下达，风潮表面上慢慢平息，双方的较量暂时转入幕后。东林党人努力说服首辅叶向高出面，领导倒魏运动。魏忠贤一伙则在琢磨用什么办法反击。
这边，叶向高还在犹豫不决，那头阉党已经想好对策。阉党中，有个叫冯铨的翰林，他对魏忠贤建议说，这些士大夫们你不真正给他们点厉害瞧瞧，他们是不会住嘴的；本朝的廷杖，专门用来对付不听话的大臣，如今再有捣乱的，就用廷杖——说来也怪，朱由校登基四年多，还从来没有使用过廷杖——当年嘉靖皇帝不就是用廷杖把士大夫打老实了么？
魏忠贤略一回味，就发现这是个好主意。廷杖比之诏狱，就有如无声手枪之于大炮。有的时候，大炮不如无声手枪好使；大炮火力是很威猛，但块头太大，搬弄起来颇费事，手续很多。一旦把人投入诏狱，必须整出口供，整不出来不能结案，前阵子，汪文言案就是这样不了了之。而廷杖，只须万岁爷一句话，打八十，打一百，打二百，就只管拖下去打，不想弄死他就放条活路，倘若取之性命，那也是下手轻重的事，人不知鬼不觉，很好操作。魏忠贤大喜。
看来，整知识分子，还是要靠知识分子自己出主意、想办法。
魏忠贤笃笃定定坐在家中，看哪个倒楣蛋儿首先送上门来。
六月十六日，倒楣蛋儿出现了，名叫万燝，官拜工部郎中。当时，万燝正负责光宗陵墓工程，缺铜，到处找不到，听人说宫里有大量废铜，就发文征集。可自魏忠贤看来，宫中一切，“我的地盘我做主”，一个郎中级别的小外官，磕头来求还则罢了，居然跟我公事公办，发文索要。不给！万燝虽然官卑职小，骨头可丝毫不软。索性动本参魏，所论远远超出废铜烂铁之事，想必也是受到不久前杨涟上疏的激发，破口大骂：
<small>忠贤性狡而贪，胆粗而大，口衔天宪，手握王爵，所好生羽毛，所恶成疮痏。荫子弟，则一世再世；赉厮养，则千金万金。毒痡士庶，毙百余人；威加缙绅，空十数署。一切生杀予夺之权尽为忠贤所窃，陛下犹不觉悟乎？且忠贤固供事先帝者也，陛下之宠忠贤，亦以忠贤曾供事先帝也。乃于先帝陵工，略不厝念。臣尝屡请铜，靳不肯予。间过香山碧云寺，见忠贤自营坟墓，其规制弘敞，拟于陵寝。前列生祠，又前建佛宇，璇题耀日，珠网悬星，费金钱几百万。为己坟墓则如此，为先帝陵寝则如彼，可胜诛哉！今忠贤已尽窃陛下权，致内廷外朝止知有忠贤，不知有陛下，尚可一日留左右耶？</small>
比之杨涟措辞，更无顾忌，痛哉快哉。尤其“忠贤自营坟墓，其规制弘敞，拟于陵寝……可胜诛哉”这几句，极其严厉。
魏忠贤顿时恶向胆边生，“遂矫旨午门前行杖一百棍”，密令行刑者照死里打，“杖后，于御道前倒拖横曳者三匝，甫出而气绝矣。”
好像万燝并非东林党，但后来史家还是把他算作死于党祸之第一人：“此奸逆纵杀立威第一人也。”意思是，魏忠贤是从这里大开杀戒，向东林党发起总攻的。
从这天起，血腥的帷幕缓缓拉开。阉党已然决意全面清算所有敢于向其权威挑战者。但谁也不会想到，下一个目标，竟直指内阁首辅叶向高。在阉党看来，叶向高是东林党人的总后台，虽然叶为人老成持重，甚至私下并不赞同杨涟激化事态的做法，但阉党仍然认为“必去叶向高而后可”，不扳倒叶向高，而欲给予东林党以毁灭性打击，是不可能的。他们像苍蝇趴在鸡蛋上那样，仔细寻找着任何微小的缝隙。
终于，他们找到了。
当时负责纠察京城政纪的御史，名叫林汝翥，据说是叶向高的外甥。不久前，有两个太监虐害市民，治安当局不敢处置，事情传到“纪检书记”林汝翥耳中，大怒：岂有此理！遂绑了来，各处鞭刑五十下。受罢刑，两个太监找主子王体乾哭诉了，王听说林御史乃叶向高外甥，如获至宝，遂与客、魏一起，奏于朱由校，把事情说成林汝翥滥作威福，污辱内臣。朱由校这个傻帽儿，立即相信，命如万燝例，也杖一百，削职为民。
得了旨意，宦官们即扑向林宅。可是那林汝翥事先闻知此事，脚底抹油，不知去向。林汝翥一溜，众宦官正中下怀，当即奔叶向高府邸而来，以林汝翥乃叶氏外甥为由，“群珰数十围叶寓，直入内宣，喧哗搜捉”，直到叶向高紧急上奏，朱由校亲自下令，众宦官这才停止冲击首相私邸，撤围回宫。
林汝翥出于畏惧逃脱，行为怯懦，有失宪臣风范，他自知可耻，不久就现身投案，被打一百棍，几乎死掉。
但这件事情根本是冲叶向高来的。“中官围阁臣第，二百年来所无。”这是巨大的羞辱，发生这种事态，出于荣誉感和抗议，为全体士大夫的尊严计，叶向高必须主动请辞。于是，递上一份又一份辞呈，朱由校照例不允、挽留。但他如果确有诚意，应该处分冲击叶府的宦官，却并无表示。叶向高见状，坚持辞职。虚情假意几个回合，朱由校也就批准了叶的请求。
这又是阉党一大胜利。通往迫害的大门从此豁然，杨涟、左光斗们即将大难临头。
东林党倒也不曾坐以待毙，但他们能够应战的方式，有限而且无力。一是在一些职位人选上，与阉党争夺；一是上书皇帝，指摘和抨击阉党。八月，都察院左都御史孙玮病故，赵南星以吏部尚书主持廷推，拟由杨涟升任此职，但被朱由校断然拒绝。于是，改推高攀龙，得到批准。
结果似乎不错，处境似乎不是那么不利；东林党人紧张的心情，稍得松缓。这或许使他们错误地估计了形势，尤其是朱由校的态度。他们继续抨击阉党，试图在舆论上进一步影响皇帝。其实这根本没用。以朱由校那样是非完全混乱以至颠倒的人，就算递上一万本揭批奏章，亦无损阉党一根寒毛。至于个别职位的争夺，当皇帝本人已为阉党左右的情形之下，也是毫无意义的；何况，允许高攀龙主掌都察院，难保不是阉党一计，故意给你一点甜头，让你错判形势，助你骄纵之气。
实际上，东林党不断参劾阉党人物，确已让朱由校心烦。对于国事，他毫无兴致，只希望别来打搅他干木匠活、嬉玩。魏忠贤、客氏、王体乾等了解这一点。东林党人不断添扰之际，他们就在一旁挑拨，加重朱由校的不悦。他们说，这些人打着忧国旗号，目的却是拉帮结派。这个分析，很能打动朱由校；他觉得这些人喋喋不休的样子，确实像是宗派主义、山头主义。
十月八日，他第一次表态：
<small>近日蹊径歧分，意见各别，爱憎毁誉，附和排挤。大臣顾昔（惜）身名，动思引去，小臣瞻风望气，依违自合。职业不修，政事隳废。当由纪纲不肃、结党徇私，以至于此。特戒谕尔等，涤虑深思，更私易辙。</small>
虽然不曾点名，矛头是指向东林党的，“大臣顾昔身名，动思引去”这句一望而知是针对叶向高。整个旨意，明显可见阉党观点的影响，“结党徇私”四个字正是阉党急欲给予杨涟、左光斗、赵南星、高攀龙等人的定性，现终于被写入上谕。这是重大信号，“事情正在起变化”。
过了几日，因为山西巡抚人选之争，再出一道圣旨，指名道姓谴责魏大中“欺朕冲幼，把持会推，以朝廷封疆为师生报德”。又有“你部院大臣，奉旨看议，何必含糊偏比，委曲（这里作不正直讲）调停”之语。部院分别指吏部和都察院，它们的领导人，一个是赵南星，一个是高攀龙。这道圣旨再次提到“朋谋结党”。
受到皇帝明确指责，赵南星、高攀龙按照惯例，先后请求罢免己职，均得批准。其中，赵南星免职的旨意，径由内出，根本不经过内阁票拟，也就是不给内阁——叶向高去后，韩𤆓继任首辅，他也被视为东林党——说话的机会。高攀龙之罢，虽然交由内阁票拟，但当内阁认为以一件并不很严重的事，驱逐两位重臣（吏部尚书、左都御史属于“九卿”），处置失当时，朱由校——或者完全将他控制起来的魏忠贤等——便甩开内阁，直接传旨准许高攀龙辞职。
韩𤆓、朱国桢两位内阁大臣做了最后抗争，批评这样重大问题一个“御批径发、不复到阁”，另一个虽下内阁票拟却“又蒙御笔改移”，“大骇听闻，有伤国体”。而朱由校的回答，不仅重申对免职者“师生植党”“附和依违，全无公论”“不知有朝廷”的指责，还特意提到“或世庙时必不敢如此”。世庙即世宗嘉靖皇帝；那是士大夫被收拾得最服服帖帖的一段时期，看来，朱由校以及魏忠贤等都对嘉靖时代心神往之，也希望亲眼看到那样的局面。
除内阁外，吏部和都察院是东林党人盘踞的两块最主要的朝中要地，吏部主管干部选用和升迁，都察院负责干部监察和纪检，因此，如果说东林党一度操天启朝组织工作大权，不为过。反之，自朱由校和魏忠贤来看，过去的吏部、都察院完全变质，为牛鬼蛇神把持，是个黑窝。赵南星、高攀龙被揪出打倒，乃端黑窝的第一步。要彻底打掉东林党人的黑线，还需要把斗争引向深入。
十月十六日、十八日，赵南星、高攀龙先后去位，仅隔两天，十月二十日，由顾秉谦、魏广微起草，朱由校批准的一份诏书，即向全国公布。诏书有别于日常政务中的上谕，用以发布更加正式并且要宣达于全体国民的重大决策。与一般的简短不同，这份诏书长四百余字，有点鸿篇巨制的意思，实际上，它就相当于发动反对东林党运动的宣言书。内容分三层，首先是对朝中严峻的政治形势加以回顾和描述：
<small>大小臣庶，坐享国家之禄，靡怀君父之忧，内外连结，呼吸应答，盘踞要地，把持通津，念在营私，事图颠倒，诛锄正人（阉党之自诩），朋比为奸，欺朕幼冲，无所忌惮。</small>
第二，当前“群小”的猖狂和斗争的紧迫性：“迩年以来，恣行愈甚，忠贞皆为解体，明哲咸思保身。”提到四月份以来杨涟等踵继弹劾魏忠贤的浪潮，说：“朕前已有特谕，备极鲜明，如何大小臣工，视若弁髦（弁髦，古代贵族子弟行加冠礼时用弁束住头发，礼成后把弁去掉不用，后喻没用的东西），全不尊信？”——我明明表过态了嘛，立场很鲜明嘛，为什么这些人根本听不进去，全当耳旁风？提到山西巡抚职位会推一事“皆是欺瞒，但遂营谋之私”，提到赵南星、高攀龙的垮台及其反响：“今元凶已放，群小未安，或公相党救，或妄肆猜忖”，意即他们“人还在，心不死”。第三，发出严正警告，表明将斗争进行到底的决心：
<small>谕尔徒众，姑与维新（姑且让你们参加到改过自新的队伍中来），洗涤肾肠，脱换胎骨。果能改图（改变思想认识），仍当任用，如有怙其稔恶，嫉夫善类（阉党之自诩），甘愿指纵之鹰犬，罔虑胎遗之祸患，朕将力行祖宗之法，决不袭姑息之政矣！</small>
曾经有人设想，赵、高罢免之后，东林党人暂作韬晦之想，俯首低眉，或能躲过一劫。其实并无此种可能。权力斗争，犹如两个互相扼住咽喉的人之间的比拼，毫无退路，谁先松手，则性命立为对方所取。职是之故，尽管诏书声色俱厉，尚存于朝的东林党骨干仍然只能硬着头皮顺惯性往下走。赵、高空下的位子，需要提出人选。起初，吏部、都察院分别提出由吏部侍郎陈于廷、左副都御史杨涟暂时代理。这两人都是东林党，不可能获准。不过朱由校还算客气，只是留中不发，冷处理，但意思并不含糊：各位，请给我知趣点儿！
东林党人并非不知趣，然而又有什么办法？如今举朝除了他们自己，都团结到了魏忠贤周围，他们倘若不推举自家人，就只能推举阉党分子，那岂非太过搞笑？因此，朱由校留中不发之后，在陈于廷主持下又搞了一次会推，报上几个人选供定夺——这几个人，还是东林党。
朱由校大觉此乃“给脸不要脸”，怒甚。十月二十八日，降下严旨，痛斥长期以来吏部、都察院为黑线人物所控制，已成独立王国（“吏部、都察院浊乱已久”），质问既然三番五次责令整改，“如何此次会推，仍是赵南星拟用之私人？”接着立刻点出陈于廷、杨涟、左光斗三人，钦定了“钳制众正，抗旨徇私”的罪名，乃至痛骂“老奸巨猾、冥顽无耻”，最末一句：“陈于廷、杨涟、左光斗，都著革了职为民！”
写到这里，不能忘记交代一下。几个月来，今日一道圣旨，明日一篇诏书，似乎朱由校忽然之间变得勤于政事起来。但实在而言，谁也搞不清这些以朱由校名义发表的言论，究竟有多少真正出自他本人。《实录》都直截了当记在他名下，那只是因为它不便指出这些圣旨可能并非出于皇帝本人，否则历史会出现太多的混乱，太多的荒唐。但我们从侧面了解到，朱由校一直无心理国，一直抱着多一事不如少一事的态度，以便有更多的时间和精力去做所感兴趣的事。刘若愚证实，平时，魏忠贤、王体乾等专拣朱由校沉迷于自己手艺的时候来奏事，使后者感到不耐烦，挥挥手：你们用心去办，我知道了。比较可靠的推想是，上述大多数旨意，都由阉党写好，念或解释给朱由校听，取得他同意，然后发表。至于怎么解释，以及念了什么，却是可以有很大自由空间的。