<small>孝孺曰：“何不立‘成王’之子？”</small>
<small>成祖曰：“国赖长君（指建文之子年幼不足立）。”</small>
<small>孝孺曰：“何不立‘成王’之弟？”</small>
<small>成祖曰：“此朕家事。”顾左右授笔札，曰：“诏天下，非先生草不可。”</small>
<small>孝孺投笔于地，且哭且骂曰：“死即死耳，诏不可草。”</small>
<small>成祖怒，命磔诸市。</small>
朱棣摆出礼贤下士姿态，“降榻”亲迎，口称“先生”，很像一位贤君。但方孝孺不吃这套，一意剥掉他的伪装。朱棣因对方是大儒，投其所好，顺带也自我表现一下，说起了“周公辅成王”的故事。但他实不该说这个；一说，让方孝孺逮个正着。方抓住此话，就合法性问题向朱棣连连进攻，招招不离后脑勺，朱棣初还勉强抵挡，随即左支右绌，终于辞穷，扔出一句“此朕家事”，放弃讲理。
这场抢白，方孝孺不但明白地告诉朱棣：“你的所作所为，全都非法。”而且连提三问，每一问，都把朱棣逼到死角，让那伪君子的面目大白于众。本来，朱棣希望“转化”方孝孺这么一个士林领袖，以渡过“合法性危机”。他让方孝孺“草诏”，方若接受，等于承认他皇帝身份合法，这或比所草之诏意义更大。然而，方孝孺不但拒绝，反就合法性问题穷追不舍。
方孝孺的态度，让朱棣山穷水尽。他已然认清，自己的行为不可能指望正统儒家官僚阶层接受与认可。于是，一方面，难免恼怒至极而丧心病狂，另一方面，他确也只剩下一种选择：运用暴力，去强化到手的权柄。
“磔”，是一种将犯人割肉离骨、断肢体，再割断咽喉的极刑。朱棣这样处死一个读书人，除了发泄极度仇恨外，还包含冷血的意思，即通过恫吓，令正统儒士胆寒。
这层目的，更由他的进一步措施得到验证——
方孝孺自己被杀（时年四十六）不算，朱棣复诏“诛其九族”，说是“五服之亲，尽皆灭戮”。将方孝孺血缘相近的亲族全部杀光，朱棣犹“怒不已”，闻所未闻地“必欲诛十族”。
所谓“九族”，典出《尚书·尧典》“以亲九族”。历来经学家有不同解释，一派认为是父族四、母族三、妻族二；一派认为是从自己算起，上至高祖，下至玄孙。明清刑律服制图则规定，直系亲属上推至四世高祖、下推至四世玄孙，另外再在旁系亲属中横推至三从兄弟的范围。不管怎样界定，九族尽诛，一个人既有亲属基本一网打尽，杀无可杀。饶是这样，朱棣意犹未平，怎么办？他就破天荒地“将其朋友代为一族诛之”，这样凑成“十族”。
方孝孺一案总共杀掉多少人？黄佐《革除遗事》记作八百四十七人。李贽《续藏书》记作八百七十三人，略有差别，或因万历年间（李贽生活于此时）研究者对罹难者又有新发现，而使总数增加二十九人。除直接死难者，受牵连而发配、充军的，又有千余人。一百多年后，万历十三年三月，当方孝孺案彻底赦免时，所统计的各地流放者，人数为一千三百余人。
方孝孺以一人之“罪”，致上千人陪死、落难，说明了三点：第一，与乃父一样，朱棣也流淌着嗜杀之血。第二，如此滥杀，远远出了报复之需要，它主要的目的，是对暴力、权威的炫耀；朱棣既不能以“德”拢人，索性露出血腥面目——他一直有这两副面孔，前者其表，后者其里。
整个永乐元年，都是在血腥中度过。方孝孺案仅为大屠杀的开端。除方孝孺外，被灭族灭门的，还有太常寺卿黄子澄、兵部尚书齐泰、大理寺卿胡闰、御史大夫景清、太常寺少卿卢原质、礼部右侍中黄观、监察御史高翔等多人。每案均杀数百人。如黄子澄案，据在《明史》中主撰“成祖本纪”的朱彝尊说，“坐累死者，族子六十五人，外戚三百八十人。”胡闰案，据《鄱阳郡志》所载，“其族弃市者二百十七人”，而累计连坐而死的人数，惊人地达到“数千人”。《明史》亦说：“胡闰之狱，所籍者数百家，号冤声彻天。”遭灭门之祸的总数，已难确知，但仅永乐初年著名大酷吏陈瑛，经其一人之手，就“灭建文朝忠臣数十族”。
这种暴力，甚至于可以毫无尺度。方孝孺被诛“十族”，虽已闻所未闻，但遭牵连者，究与方家有这样那样沾亲带故名义。后来，发展到纯粹伤及无辜的地步。景清一案，“磔死，族之。籍其乡，转相攀染，谓之‘瓜蔓抄’，村里为墟。”就是说，景清乡邻全部遭殃，“转相攀染”四字，黑暗之至，“村里为墟”说明该村最后弄成为“无人村”。另一个被族灭者高翔，除了满门杀光，还被挖了祖坟。这且不说，朱棣先把高家产业分给他人，再宣布，凡分得高氏产业者，全部课以重税。为什么？“曰：‘令世世骂翔也。’”
灭族者之外，还有许多人，处决其本人后，家属或被宣布为奴，或辱其妻女，使嫁最贱之人。直到二十二年后，这批人才被特赦为“民”，“还其田土”。
中国历史上向来不乏杀虐，但以往多为战争、族群冲突、暴乱、饥荒所致。纯粹的政治迫害，像朱棣报复建文忠臣如此大规模的事件，杀戮之狠、株连之广，历史上还是第一次。朱元璋一生也搞过几次大的政治迫害，但分散于三十年统治的不同时期。单论一次性的集中迫害，永乐元年恐怕创了历史之最。
但其中情形又颇怪异。朱棣的血腥杀戮，本意是树立威权、降服人心，可是杀人越多，也益发凸显了他权力基础的薄弱；每杀一个人，都等于向世人宣告：“又出现了一个反对者——虽然被我干掉了。”另一面，不断有人慷慨赴死，恰恰不断在证明被推翻的建文政权更合人心，或在人们心目中是更具法律或道德合法性的政权。在朱棣的酷刑面前宁死不屈、坚持立场的例子，比比皆是，大家翻翻《明史》，列传第二十九到第三十一，即卷141-143之间，记述了大大小小这样的故事一百来个，个个精彩，令人肃然。其中最奇的，有人原不在所谓“逆臣”之列，但为着正义，竟然送上门去——方孝孺处死弃市，开国名将廖永忠之孙廖镛、廖铭兄弟二人，明知危险，也不避斧钺，挺身而出，将支离破碎的遗骨收捡起来，葬于聚宝门外山上；事后，镛、铭果然被捕处死，他们另一个兄弟廖钺及从叔父廖昇也同时受牵连而充军戍边。
许多年后，李贽在总结这段历史时说了一番话：“故建文之时，死难之臣，若此其盛者，以有孝孺风之，连茹拔之，而建文复以春温煦之耳。”意思是，之所以当时那么多士大夫在淫威前宁死不屈，是因为一有方孝孺做榜样，二来整个儒士阶层为操守而同声相应、同气相求，还有建文四载清明政治所给予大家的感动。现实如此，朱棣怎么办？也应该设身处地替他想想：当时若不大开杀戒，势难压平局面。然而，屠刀高举的结果，却又更彰明地暴露了他失道寡助的处境。左也不好，右也不是，“猪八戒照镜子——里外不是人”。
自打朱棣将朝思暮想的平天冠戴到自家脑袋上，“合法性”问题，也就像驱不散的梦魇，始终追随着他。
这是他非正义攫取政权所须付出的代价。只可叹，历史、社会和人性，也不得不为这位自命为永乐皇帝的人的贪婪和权力欲而付出沉重的代价。什么代价？只消看看朱棣在此后一生当中，怎样竭尽所能，为维持其从来源处即沾染了洗不掉的巨大污点的统治，做下哪些事，便一目了然。