虽然事实证明，朱棣才是朱元璋构建的体制的合格继承人，但有讽刺意味的是，他却要以不合法方式来得到似乎天然属于他——抑或他才真正与之相配——的权力。同时，他的权力越是来得不合法，他就越发想尽一切办法来巩固和强化这权力，结果，他的这种努力与那种权力的本质，二者反倒相得益彰，彼此生发，将各自真谛发挥得淋漓尽致。
朱棣以武力推翻建文帝，虽非不费吹灰之力，但着实颇为顺利，一如两个不同重量级的拳手之间的较量，没有悬念。
他称帝的真正障碍，不是朱允炆，而是“合法性”。当把守金川门的谷王朱橞和李景隆为他打开城门之时，战争结束了，然而朱棣却意识到，现在他才面临真正严峻的考验。作为胜利者，他享受到的不是欢迎、拥戴和臣服。他赢得了战争，却没有赢得承认。史料为我们揭示出朱棣进入南京城时所遭遇的尴尬局面：迎降的朝臣不过百十号人，而“遁去者，达四百六十三人”，这还不包括自尽者、被捕者。假如换置为现代民调的表述方式，朱棣的支持率不足百分之二十。
为什么？
朱允炆良好的声誉是一个原因。万历年间，李贽于《续藏书》借评述方孝孺其人之机，极大胆地在同洪武严政相对照的意义上，称赞建文的四年之治：“盖（洪武年间）霜雪之用多，而摧残之意亦甚不少。建文继之，专一煦以阳春。”比朱元璋为严冬，而把朱允炆比做阳春，乃至说他善始善终地（“专一”）只把温暖带给民间。这个说法应不过分。由建文入永乐的时人朱鹭，在诗《过金陵吊方正学诸臣》里写：“四年宽政解严霜，天命虽新故忍忘？”严霜，指朱元璋；天命虽新，指朱棣上台。诗句中对朱允炆怀念之意甚浓。从朱鹭到李贽，一百多年过去了，朱允炆的良好声誉却是一贯的，没有什么不一致的材料来推翻这印象。
<strong>传说建文帝逃走后出家为僧</strong>
但也只是传说。其他传说包括逃往南洋。总之， 侄儿的真实下落令朱棣很是烦恼。
<strong>北京紫禁城</strong>
由朱棣仿南京紫禁城在北京修建，完全是新建，并非在金、元旧宫基础上扩建翻新。明初，大约三四十年时间内，中国居然造了两座这样伟大的宫城；当然，每个铜板都来自黎民百姓。
不过，这是较次要的原因。虽然古代因为“人治”的习见，对贤君心向往之，但朱棣取朱允炆代之的问题，并不简单地是只与他们叔侄个人品质有关。
士大夫，或者说儒家官僚，有自己的政治理性。它反映在若干原则上，例如君臣之义、宗法关系、王朝继嗣制度等。这些原则，基于儒家对心目中政治秩序的诉求，关乎它所理解的国家根本和大体，是不可破坏的，具有超乎道德之上的地位，也是优先于道德标准的最高标准。
孔子在世时，即有意识地致力于建立这秩序，他在七十岁左右的高龄，完成毕生最后一部著作《春秋》。“《春秋》之义行，则天下乱臣贼子惧焉。”此书之作，即为正名分、立褒贬，司马迁评曰“以绳当世”，近人则称“儒家政治思想，以《春秋》为最高标准”。孔子自己有一句话：“后世知丘者以《春秋》，而罪丘者亦以《春秋》。”对此，经学家刘煕解释是：“知者，行尧舜之道者也。罪者，在王公之位，见贬绝者。”意即《春秋》树立了一个标杆，明确应该怎么做和不可以做什么。究竟是什么样的标杆呢？说到底，就是制度，是任何情形下不能被侵犯和破坏的国家政治秩序，当时用词是“礼法”。“礼法”包含道德，但比道德更高。比如暴君被杀，依《春秋》的书法，只能用“弑”字，不能称“杀”。《春秋》襄公三十一年记：“莒人弑其君密州”。这件事，实际上是莒国国君为其人民所共弃，对这正义之举，《春秋》仍坚持书“弑”，因“弑”字有以下犯上的意思，这层意思在孔子看来必须申明，哪怕莒君已到“国人皆曰可杀”的地步，但身份仍是国君，虽因恶被杀，国人所为仍为非礼，故必须明书曰“弑”。这便是“《春秋》笔法”，借历史的书写，表达和构建一套任何情形下不动摇的政治伦理。所以，吴、楚两国国君已经称王，《春秋》仍尊周天子所予封号，只对他们以“子”相称。前631年，晋文公以霸主身份将周襄王召至河阳、践土（今晋豫一带）接受诸侯朝拜，这是严重违反礼法的举动，《春秋》于是记为“天王狩于河阳”，因为“‘以臣召君，不可以训’，故书曰‘狩’。”鲁惠公死后，嫡子（后来的鲁桓公）年幼，因此由继室庶出之子暂摄君位，是为鲁隐公；《春秋》对此事隐而不提，只用“元年，春”一语，一方面表示发生了执政者的交替，一方面回避直接谈论有新君即位——虽然确实发生了这种事情。总之，用非常严格、不苟的表述，来坚持伦理正确。
这政治伦理，经一千多年来从汉儒到宋儒的深入阐释，在士大夫心目中已根深蒂固、不容移易，构成他们对于政治合法性的基本理念。
明代最典型的事件，是嘉靖初年那场极激烈的“大礼议”。当时正德皇帝朱厚照死去，无子，由兴献王世子朱厚熜入继，成为嘉靖皇帝。他在当皇帝的第五天就下令讨论生父兴献王的尊号问题，亦即想给父亲追加皇帝名义，一下子引起非常复杂的伦理问题。根据礼法，作为入继者，朱厚熜继承皇位的同时，便自动以孝宗朱祐樘为父（朱厚熜与朱厚照同辈），现在提出给本生父上皇帝尊号，实际上就成为“继统不继嗣”。以我们今人眼光，可能觉得这种问题无关痛痒，而在当时，却事关皇帝权力由来是否合法的大节。于是首辅杨廷和带头，满朝士大夫奋起抗争，双方僵持三年之久，最后演变成“左顺门事件”。嘉靖三年七月十五日，自尚书、侍郎至员外郎、主事、司务等二百二十位官员，以相当于现代静坐示威的方式，跪伏左顺门外，务求皇帝纳谏，几次传旨令退去，皆不听，仍跪伏喧呼。嘉靖帝大怒，出手镇压，除当即逮捕一百四十二人外，命四品以上八十六人待罪听候处理；七月十七日，命所有参与此事的四品以上官员夺去俸禄，五品以下俱处以廷杖，受廷杖者人数达一百八十余人，其中，死于杖下竟达十七人。
由“大礼议”可见，明代一般儒家官僚心中，对于“合法性”，怎样持着绝不圆融的态度。朱厚熜是名正言顺做皇帝的，他无非想捎带着把亲生父亲也引入皇帝行列，尚且招致士大夫阶层一致抵制。那么，身为颠覆者，凭仗武力推翻合法君主、夺取帝位的朱棣，将面临怎样困难，更可想而知。
南京被燕兵控制以后，少数士大夫曾在各地武装抵抗，很快都被扑灭。多数人选择弃官和逃亡，以此拒绝与篡权者合作，如果跟崇祯皇帝自尽后对满清比较激烈的抵抗相比，似乎显得平淡。不过其中情形并不相同，明末抵抗是基于亡国之痛，而朱棣篡政说到底是朱姓王朝的“家事”，不合法归不合法，江山终究没有易手。对此，孔子早就说过：“邦有道，则仕；邦无道，则可卷而怀之。”“天下有道则见，无道则隐。”“邦无道，富且贵焉，耻也。”眼下的情况，就很符合“无道”的定义。所以，跑掉，不合作，躲起来不做官，足以表明对时事的态度。
此种局面，朱棣事先也应有所预料，但恐怕未曾料到抵制的人如此多。除了皇室亲贵——朱允炆削藩，早就得罪了这批人——迎降队伍中头面人物寥寥无几，部长级（尚书衔）只有一个茹瑺，副部级（侍郎）四位。反观朱棣先后两次开列的“奸臣榜”（支持朱允炆的官员），吏、户、兵、刑、工、礼部尚书和太常卿、大理卿俱在其内，加上一堆侍郎，外带皇帝首席顾问、知识分子领袖方孝孺，人心向背，一望而知。他更没想到，大局已定之后，这些人绝大多数还坚持死硬立场，甚至当他做足姿态、给足面子，他们仍不买账。这时，他开始明白，撵走朱允炆、自己黄袍加身是一码事，找到“合法性”完全是另一码事。
有迹象表明，最初，朱棣是渴望“合法性”的。他希望事情尽快步入正轨，摆脱篡位者的阴影。
那个替他策划了整个叛乱夺权计划的智囊人物道衍和尚（姚广孝）早就深谋远虑地忠告：进入南京后，当务之急是搞定方孝孺。道理不言自喻：如方孝孺可为所用，以他在士林中的声望，令儒家官僚集团接受既成事实，难度可降低不少。朱棣亦深知其意义，捉住方孝孺后，依姚广孝之言，亟假辞色，结果大失所望，进而恼羞成怒。《明史》对这一段的描写，细腻可观，如小说一般：
<small>先是，成祖发北平，姚广孝以孝孺为托，曰：“城下之日，彼必不降，幸勿杀之。杀孝孺，天下读书种子绝矣。”成祖颔之。</small>
<small>至是欲使（方孝孺）草诏。召至，悲恸声彻殿陛。</small>
<small>成祖降榻，劳曰：“先生毋自苦，予欲法周公辅成王耳。”</small>
<small>孝孺曰：“‘成王’安在？”</small>
<small>成祖曰：“彼自焚死。”</small>