在我看来，朱棣行径中，比血腥杀戮影响更恶劣的还有许多。他是中国有史以来最大的历史造假者。建文朝史事“千钩百索，只字不留”，在他鼓励和授意下，当时“文学柄用之臣”置良知和道义于不顾，“自饰其非”，“为史（指对建文朝的书写），肆以丑言诋之”，致建文朝“政令阙而不传”（建文时期采取了哪些政策措施，已不可知），过了好些年，一个叫杨守陈的礼部尚书实在不能接受这种状况，向弘治皇帝上书，批评“靖难后不记建文君事，使其数年内朝廷政事及当时忠于所事者皆湮没无传”，委婉提出重写历史、恢复原貌的要求：“即今采录，尚可备国史之缺”。朱棣的做法，不单等于给历史开了“天窗”，还填加进去许多谎话，给后来肆意篡改历史的人，树立了榜样。
不但史实在他手上歪曲了，他还极大摧残了中国史学十分可贵的传统——“良史”的操守和气节。“良史”精神，自周代就形成。虽然史官为政府所设，但史官对政府乃至君王却允许保持独立性，直面事实、忠实职务，是史官本分，如遇政治强权干涉，不惜杀身殉职。这就是“良史”精神。鲁襄公二十五年，齐大夫崔杼杀齐君，太史毫不妥协，当庭记下“崔杼弑其君”。崔杼怒，杀太史。太史被杀，他的两个兄弟坚持写同一句话，又被杀。这个良史家族的最后成员还写那句话，崔杼不敢再杀。南史氏听说太史一家将被杀光，就拿着竹简赶来，准备替他们继续写这句话，途中听说已写成，才打道回府。所以，不要以为中国人一开始就有编造历史的习惯，中国史学精神，本来是非常正直的。可是这光荣的传统，慢慢却被朱棣们断送了。他可不是那个崔杼可以比得。崔杼杀了几个人，看见史官不肯屈服，就不敢杀了。朱棣对于杀人，十分彻底，只要敢不奉他的旨意，有多少杀多少。能不能正确对待历史，是国家清明与否的标志之一。历史不单单是一个叙事问题，更是一个关系正义与伦理的问题。古人很早就意识到“以史为鉴”的道理，视历史为一面客观的、是非曲直一目了然的镜子，国家必须从真实、不被歪曲的历史中得到对益害、利弊的如实认识，才能把现实和未来的路走好。
朱棣不仅仅是造了假，他还强奸了中国人文的健康精神。这个影响最坏。永乐年间给整个知识分子阶层的心态，蒙上长久的阴影。朱棣上台后所屠杀的知识分子，都属忠正一路。这些人，富贵不能淫，威武不能屈，是知识分子中品质较好的一部分。朱棣的逻辑是，你不肯低头，我就把你的头砍掉了事。然而，被斫伤的不仅是千百受难者的生命，还有他们秉持传承的人格。正气下降，邪气自然上升。有诗咏当时风气之坏：“后来奸佞儒，巧言自粉饰。叩头乞余生，无乃非直笔。”不愿同流合污的正人君子，则选择明哲保身之路，退出公共领域，出现“亘古所无”的现象：“上自宰辅，下逮儒绅”，“深山穷谷中往往有佣贩自活、禅寂自居者”。
朱元璋搞了那么多文字狱，也没把“士”气搞到这样的地步。洪武时期的文字狱，虽然野蛮而荒唐，却并不针对整个知识分子阶层及其基本价值观。朱元璋这个人，无知狭隘，但对儒家正统精神还是肯定和鼓励的（除开孟子思想中“非君”那一部分）。朱棣却不同。朱棣打击的，恰恰是从儒家伦理根源上来的理念和气节。明初，这些理念和气节，随着外族异质文化统治的结束，正处于蓬勃向上的状态，我们从洪武时期以宋濂为首的皇家教师团的大儒们身上，从以方孝孺为代表的建文殉难忠臣身上，清楚看到中国知识分子正统价值观和自信心呈现强劲复苏的趋势，然而“靖难之役”后残酷镇压，又将它重挫。
如何对待建文朝这段历史，始终是明代意识形态难以隐去的痛。恢复原貌、回到真相的意志，也顽强地生存在人们的良心中，丝毫未因时间流淌、记忆远离而褪色。威权可压制正义于一时，却不能左右真相于永远。朱棣死去以后，主张为朱允炆本人和以方孝孺为代表的建文忠臣恢复名誉的呼声逐渐抬头，到了中晚明，更演变为中国有史以来最大的一次“重写历史”运动。当代学者杨艳秋对此有专论《明代建文史籍的编撰》，其中指出：
<small>关于明代建文史籍的数目，无人做过具体的统计，《明史·艺文志》史部杂史类著录了二十种作者姓名可考的建文史籍，其中杂史类十四种，传记类六种；清人陈田编辑的《明诗记事》乙籤中提到了四十一种。若除去其中郑晓《吾学编》、何乔远《名山藏》、吴士奇《皇明副书》、伊守衡《史窃》、朱国桢《史概》等五部综合性的历史著述，单记建文朝事的史籍也有三十六部；黄虞稷的《千顷堂书目》中，建文史籍则多达五十九种，当然，这个数字远远不能囊括明代所有的建文史籍，但数目已相当可观。</small>
并次第细述了正德至嘉靖、万历和万历以后三个时期针对建文朝的“重写历史”运动的情形。
这个运动，首先是民间的，自发的；既然官史不尊重事实，强行歪曲历史，民间话语便以自行叙事亦即所谓“野史”的方式，做出反弹。明代“野史”或者说私人的非正式历史写作之高度发达，与建文事件的刺激是分不开的。另一方面，大量野史的出现，又推动了正史改革的意愿；越来越多的人呼吁官史应当担负起阐明历史真实情况的责任，如陈继儒批评正史对建文朝史实“灭曲直不载，不若直陈其状而征示以无可加也；斥野史为尽讹，不如互述其异同，而明见其不必尽情也。”朱鹭则借野史的发达，指出这明显表示正史陷于一种困境，进而提出恢复史臣的“史权”，即史臣有改正历史错误和叙写历史真实情况的操笔之权，回复其“天子有所不能制”的特质，以保障历史书写的严肃性，他说：“且夫史官而禁之书，能必野史之不书邪？与其为野史书，传疑述伪，逐影寻响，夸张其说而矫诬其事，宁正之今日乎？秉史笔者尤得以弥缝讳饰其间而不至于滋万世之惑也，若是，而史臣之权可不用邪？”到万历年间，“重写历史”运动已经成为朝臣奏事时的公开议题。礼科给事中孙羽侯和杨天民、御史牛应元和史官焦竑，都先后上书主张在正史中给建文时期以“本纪”地位。万历皇帝对于这些建议未敢完全允准，但他一面命将建文朝事迹仍附于洪武朝后，一方面同意直书建文年号。这是一个重大突破，因为朱棣时代发明“革除年”一词，就是基于取消建文年号、在政治上不承认这段历史。时隔百余年，被抹去的“建文”字眼，终于又合法地重返历史话语（所以才有了《建文朝野汇编》和《建文书法拟》这样的书名）。
虽然朱棣所为，颇有“青山遮不住，毕竟东流去”的可笑，但毕竟历史为此走了很长很大的弯路。简简单单、客观存在的事实，却费了那么大的气力来纠正、复原，不必说空耗精力纯属多余，正气低迴更是可怕的内伤。只因朱棣的一己之私，整个国家和民族就付出这样沉重的代价。