他通过对官吏保持高压，坐收一石数鸟之效：第一，澄清吏风；第二，发泄旧怨；第三，收聚民心；第四，抬升帝威；第五，杀鸡儆猴。这里面，既有直接目的，更有他深谋远虑的筹划。如果朱元璋的打击对象只有渎职枉法的狗官，事情另当别论，但我们发现并非如此。在一些著名的大案里，惩治污吏或不法之臣只是由头，被朱元璋借题发挥，搞扩大化，辗转牵扯，最后挖出来一个又一个“反朱元璋集团”，其中，胡惟庸、蓝玉两案分别都连引至数万人。
整个明代只有过四位丞相：李善长、徐达、汪广洋、胡惟庸。胡案后，朱元璋废相，古老的相制就此终结（清代官制基本照抄明代，也未设相位）。而仅有的这四位丞相，除徐达外，另三位居然全在胡案中一网打尽，可知此案之巨，亘古未有。
胡惟庸得罪的直接原由，据说是洪武十二年九月，占城（今属越南）使者来贡，胡惟庸自行接见而未奏闻。然而，占城贡使却被一个太监遇见了，朱元璋由是知此事，大怒，敕责。胡惟庸等惶恐之下将责任推诿于礼部，说是他们处理不当，礼部岂甘做冤大头，反过来坚诉与己无关。推来推去，惹朱元璋益怒，一股脑儿将中书省、礼部诸臣统统下狱，审讯谁是主使。很快，首先将汪广洋（时汪为右丞相，胡为左丞相）赐死。汪死之时，其妾陈氏自愿从死。朱元璋听说此事，命查陈氏来历，得报告说陈氏乃是某罪臣之女，没官后充汪妾，朱元璋再次发作，说：“没官之女，止给功臣家，文臣何以得给？”竟以这个理由判胡惟庸及部臣等“咸当坐罪”。恰在此时，有两个与胡惟庸过从甚密的官员告发胡阴结武臣谋反，胡当然被诛。
然而，胡案奇就奇在，事情并不因胡惟庸死而结束，从洪武十三年诛胡，到洪武二十三年，胡案就像一座储量巨大的富矿，一再被深掘潜采，猛料迭爆，不断有“新发现”。先后查出胡惟庸与东瀛倭国和逃到沙漠的旧元君臣相交通，是个“里通外国”的汉奸、特务、卖国贼。洪武十八年，胡案再挖出一条“毒蛇”——李善长之弟李存义，这李存义与胡惟庸是亲家，其子李佑娶胡女为妻，举报者说李存义参与了胡惟庸的谋反计划，奇怪的是，李存义不仅没有被处死，而且得到的只是流放崇明岛这样简直应该说很轻微的处罚。这种反常的处置似乎意味着什么；果不其然，又过五年，到洪武二十三年，最后、最关键、最大的首要分子被揪出来了，那就是位列开国元勋头把交椅的李善长。李善长的揪出，真正宣告了胡惟庸“反皇叛国集团”的彻底覆灭：李家“并其妻女弟侄家口七十余人”被杀，同时有九位侯爵被打成共谋不轨的“逆党”。至此，胡案迁延十载，最终以李善长的倒台及三万余人被杀落下帷幕。
李善长，定远人，朱元璋初起时他在滁县加入朱军，从此成为朱元璋的头号智囊，“军机进退，赏罚章程，多决于善长”。明建国，李善长更是国家体制、法律、礼仪的主要制定者。洪武三年大封功臣，一共只封了六人为公爵，李善长是文臣中唯一被封者，且排第一，位居徐达、常遇春等赫赫名将之前，朱元璋在所颁制词里将李直接比做汉相萧何。后为示恩宠，又将临安公主许配善长之子李祺。一时间，李善长荣耀达到顶峰，史书上说“光宠赫奕，时人艳之”。
然而，这位“明代萧何”终于在他七十七岁、没几天活头的时候，被朱元璋以意欲辅佐胡惟庸谋取皇位为由除掉。李被杀的第二年，一个低级官员王国用上书朱元璋，就此事提出质疑，说：“善长与陛下同心，出万死以取天下，勋臣第一，生封公，死封王，男尚公主，亲戚拜官，人臣之分极矣。”如果说李本人有想当皇帝的念头，事情还另当别论，“而今谓其欲佐胡惟庸者，则大谬不然。”“使善长佐惟庸成，不过勋臣第一而已矣，太师国公封王而已矣，尚主纳妃而已矣，宁复有加于今日？”这个推理十分有力，没有犯罪动机，何来犯罪行为？这是朱元璋无法回答的。极为蹊跷的是，狠狠将了朱元璋一军的王国用居然平安无事，朱元璋给他来了个既不作答也不加罪——莫非朱元璋有意以此方式默认某种事实？回顾胡案十年，我们发现整个过程充满了偶然性和巧为布置的痕迹，几乎每一次重大关节、演化，都由微细琐事而逐渐被放大，所谓风起于青𬞟之末，一个看似不起眼的由头，生拉硬扯，顺藤摸瓜，株连蔓引，直至搞到李善长那里方才罢休。也许存在胡惟庸试图谋反的事实，但这案情绝对被朱元璋利用了，可能胡案事发之日，朱元璋便意识到此乃翦除李善长及其势力的良机；他以惊人的耐心，不慌不忙用十年时间完成了这件钝刀杀人的杰作。
李善长被杀后三年，另一大案爆发，主人公是蓝玉。两个接踵而至的大案放在一起看，特别有意思。一个是文臣，一个是武将；一个是“老一辈政治家代表人物”，一个是“晚生代军界精英”；一个被前后花了十年工夫慢慢扳倒，一个却被速战速决、突然发力瞬间击倒……
蓝玉崭露头角是在明建国后。洪武四年、五年，他先后作为老元戎傅友德、徐达的副手，征定西南、北漠，迅速显示其军事奇才。十一年，他和另一位新生代领军人物沐英联袂出击西北，“拓地数千里”，班师封侯。十四年，以征南左副将军从傅友德出师云南，“滇地悉平，玉功为多”。此后声誉鹊起，二十年，终于取代老一辈的冯胜“拜为大将军”，总领军事。蓝玉虽非开国元勋，但对明建国后武力扩张和靖宁四远居功至伟，从南到北，川滇、陕甘、塞北……明帝国最后版图的确立，与蓝玉有直接关系。《明史》说其“中山、开平既没，数总大军”。徐达、常遇春之后，军方头号人物无疑就是蓝玉。