取代冯胜为大将军后到洪武二十六年被处死，是蓝玉军旅生涯最辉煌的五年，其间他率十数万大军，于捕鱼儿海大败元军，捕获元主次子、公主、诸王、平章及以下官属三千人，男女七万七千余人，马驼牛羊十五万余；讨平施南、忠建宣抚司、都匀安抚司、散毛诸洞等部（今贵州一带）叛乱；坐镇西部，略西番、罕东之地（今甘肃、新疆一带），击退土酋，降服其众。
就像任何能征惯战的军人一样，雄心万丈的蓝玉有些收不住手。但他没有料到，当他奏请“籍民为兵”、计划扩充军力，前去征讨朵甘、百夷（今青藏、滇西北一带）时，朱元璋却下达命令：班师回朝！蓝玉闷闷不乐地回到京师。朱元璋似乎有意在刺激他，二年前原拟晋封蓝玉梁国公，却临时改封凉国公；西征还京后，蓝玉自忖按功他可加为太子太师，但朱元璋只给了他次一等的太子太傅衔；在朝奏事，他的意见也几乎不被采纳。这边血气方刚，正怏怏不快，那边偏偏一而再、再而三地撩其情绪，骄傲的将军终于被弄得举止浮躁，这时，专事侦探大臣的锦衣卫恰到好处地向皇帝提出蓝玉有谋反企图的指控——洪武二十六年二月，蓝玉突然被逮下狱，且迅速结案：蓝玉灭族，“坐党夷灭者不可胜数”，案涉“一公、十三侯、二伯”，一万五千人被杀，《明史》评曰：“于是元功宿将相继尽矣。”
洪武二十三年解决了一个“反朱元璋政治集团”，二十六年解决了一个“反朱元璋军事集团”——此距朱元璋辞世仅仅五年，相信这会使他阖上双目时比较踏实。蓝玉一案的内幕究竟怎样，无人得知，他要谋反的说法来源于朱元璋御用特务机构，定罪过程也处在封闭、秘密的刑讯状态之中，但后人显然存有疑问，例如由清代官方修定的《明史》便只把胡惟庸列入《奸臣传》，没有把蓝玉列在其中，从而以这种方式表达了一种看法。
我曾在明中叶王锜所撰笔记《寓圃杂记》中，读到对蓝玉其人的间接描述，似乎婉转地为蓝玉鸣冤。
作者回忆他祖上在洪武年间认识的一个叫王行的狷介文人，此人特立独行，为人勇义。当时，他决心去京城（南京）闯荡，有友人因“时太祖造邦，法制严峻”而“坚阻之”，“行大声曰：‘虎穴中好歇息。’”到南京后他教书为业，住处与蓝府相邻，所收学生中因此就有蓝府仆人的子弟。蓝玉很关心这些孩子，经常检查他们的功课，对他们老师的教学水平大加称赞，主动提出要见这位老师。当朝大将军、贵为公爵的蓝玉，肯结交一个教书先生，这令王行非常吃惊。见面后两人纵论韬略，神飞兴逸，十分过瘾。蓝玉敬重王行才具，有相见恨晚之慨，于是将王请入府中居住，以师礼事之。不久，蓝玉事发被捕，有人就劝王行速逃，免受牵连，王断然答道：“临难无苟免。”留下来等死。在狱中，面对审问者，王行昂首承曰：“王本一介书生，蒙大将军礼遇甚厚，今将举事，焉敢不从？”竟故作愤世语，以请死姿态来抗议蓝玉蒙冤，义无反顾地加入了那一万五千被杀者的行列。
作为“本朝子民”，王锜在《寓圃杂记》里岂敢直指蓝案是冤假错案？但他却用蓝玉、王行交往的故事，描绘两人展现出的正派形象，曲笔潜意，昭然若揭。从王行，我们可间接地想象与之引为知己的蓝玉的个性，也必是骄傲而磊落。以这性情，招致朱元璋之忌，势所难免。但祸根绝不在于蓝玉的个性，即使他善于抑己顺从又能怎样？朱元璋的心腹之患，是蓝玉在军中的威望和巨大影响力，是他长年征战带兵所自然而然形成的地位和统系；朱元璋势必要在死前除此隐患，以保子孙皇位不受威胁。